Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. 3D Movie Maker supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da 3D Movie Maker sono .3MM. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in 3D Movie Maker. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da 3D Movie Maker.
3D Movie Maker può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite 3D Movie Maker e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da 3D Movie Maker.