Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ACD/ChemSketch supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ACD/ChemSketch sono .SK2. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ACD/ChemSketch. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ACD/ChemSketch.
ACD/ChemSketch può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ACD/ChemSketch e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ACD/ChemSketch.