Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Adobe Mocha for Adobe After Effects supporta almeno 11 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Adobe Mocha for Adobe After Effects sono .M2S. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Adobe Mocha for Adobe After Effects. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Adobe Mocha for Adobe After Effects.
Adobe Mocha for Adobe After Effects può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Adobe Mocha for Adobe After Effects e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Adobe Mocha for Adobe After Effects.