Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Apple iPhone Configuration Utility supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Apple iPhone Configuration Utility sono .PROVISIONPROFILE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Apple iPhone Configuration Utility. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Apple iPhone Configuration Utility.
Apple iPhone Configuration Utility può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Apple iPhone Configuration Utility e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Apple iPhone Configuration Utility.