Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Apple Project Builder supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Apple Project Builder sono .PBPROJ. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Apple Project Builder. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Apple Project Builder.
Apple Project Builder può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Apple Project Builder e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Apple Project Builder.