Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Avogadro supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Avogadro sono .XYZ. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Avogadro. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Avogadro.
Avogadro può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Avogadro e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Avogadro.