Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. BioAnalyst Software supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da BioAnalyst Software sono .WIFF. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in BioAnalyst Software. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da BioAnalyst Software.
BioAnalyst Software può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite BioAnalyst Software e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da BioAnalyst Software.