Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. BizTalk Server supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da BizTalk Server sono .ODX. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in BizTalk Server. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da BizTalk Server.
BizTalk Server può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite BizTalk Server e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da BizTalk Server.