Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. BlasterBall 3 supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da BlasterBall 3 sono .BB3. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in BlasterBall 3. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da BlasterBall 3.
BlasterBall 3 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite BlasterBall 3 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da BlasterBall 3.