Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Canon Digital Photo Professional supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Canon Digital Photo Professional sono .CR2. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Canon Digital Photo Professional. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Canon Digital Photo Professional.
Canon Digital Photo Professional può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Canon Digital Photo Professional e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Canon Digital Photo Professional.