Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Carbon Copy Cloner supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Carbon Copy Cloner sono .SPARSEIMAGE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Carbon Copy Cloner. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Carbon Copy Cloner.
Carbon Copy Cloner può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Carbon Copy Cloner e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Carbon Copy Cloner.