Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Chem3D supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Chem3D sono .C3D2. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Chem3D. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Chem3D.
Chem3D può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Chem3D e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Chem3D.