Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Civilization 3 supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Civilization 3 sono .BIX. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Civilization 3. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Civilization 3.
Civilization 3 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Civilization 3 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Civilization 3.