Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ClickyMouse supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ClickyMouse sono .4CM. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ClickyMouse. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ClickyMouse.
ClickyMouse può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ClickyMouse e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ClickyMouse.