Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Clonk Endeavor supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Clonk Endeavor sono .C4K. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Clonk Endeavor. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Clonk Endeavor.
Clonk Endeavor può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Clonk Endeavor e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Clonk Endeavor.