Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Command and Conquer 3 supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Command and Conquer 3 sono .KWREPLAY. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Command and Conquer 3. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Command and Conquer 3.
Command and Conquer 3 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Command and Conquer 3 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Command and Conquer 3.