Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter sono .CK6. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter.
Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter.