Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Crick Software Clicker supporta almeno 5 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Crick Software Clicker sono .CLKX. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Crick Software Clicker. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Crick Software Clicker.
Crick Software Clicker può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Crick Software Clicker e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Crick Software Clicker.