Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Crossword Genius supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Crossword Genius sono .WSR. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Crossword Genius. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Crossword Genius.
Crossword Genius può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Crossword Genius e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Crossword Genius.