Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Digidesign Pro Tools LE supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Digidesign Pro Tools LE sono .PT4. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Digidesign Pro Tools LE. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Digidesign Pro Tools LE.
Digidesign Pro Tools LE può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Digidesign Pro Tools LE e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Digidesign Pro Tools LE.