Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. DNA Baser supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da DNA Baser sono .FASTA. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in DNA Baser. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da DNA Baser.
DNA Baser può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite DNA Baser e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da DNA Baser.