Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Doom 3 supporta almeno 5 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Doom 3 sono .SAVE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Doom 3. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Doom 3.
Doom 3 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Doom 3 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Doom 3.