Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Dr. Halo III supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Dr. Halo III sono .CUT. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Dr. Halo III. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Dr. Halo III.
Dr. Halo III può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Dr. Halo III e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Dr. Halo III.