Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Emperor: Battle for Dune supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Emperor: Battle for Dune sono .XBF. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Emperor: Battle for Dune. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Emperor: Battle for Dune.
Emperor: Battle for Dune può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Emperor: Battle for Dune e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Emperor: Battle for Dune.