Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. eMusic/J supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da eMusic/J sono .EMP. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in eMusic/J. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da eMusic/J.
eMusic/J può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite eMusic/J e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da eMusic/J.