Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Encog Machine Learning Framework supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Encog Machine Learning Framework sono .EGB. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Encog Machine Learning Framework. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Encog Machine Learning Framework.
Encog Machine Learning Framework può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Encog Machine Learning Framework e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Encog Machine Learning Framework.