Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Fallout 3 supporta almeno 7 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Fallout 3 sono .BSA. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Fallout 3. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Fallout 3.
Fallout 3 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Fallout 3 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Fallout 3.