Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Family Tree Maker supporta almeno 10 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Family Tree Maker sono .FTW. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Family Tree Maker. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Family Tree Maker.
Family Tree Maker può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Family Tree Maker e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Family Tree Maker.