Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. FileAlyzer supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da FileAlyzer sono .DAT. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in FileAlyzer. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da FileAlyzer.
FileAlyzer può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite FileAlyzer e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da FileAlyzer.