Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. FileCapsule Deluxe supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da FileCapsule Deluxe sono .FCXE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in FileCapsule Deluxe. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da FileCapsule Deluxe.
FileCapsule Deluxe può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite FileCapsule Deluxe e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da FileCapsule Deluxe.