Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Final Fantasy XI supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Final Fantasy XI sono .IBF. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Final Fantasy XI. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Final Fantasy XI.
Final Fantasy XI può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Final Fantasy XI e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Final Fantasy XI.