Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Football Manager 2009 supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Football Manager 2009 sono .LNC. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Football Manager 2009. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Football Manager 2009.
Football Manager 2009 può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Football Manager 2009 e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Football Manager 2009.