Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. FreeSurfer supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da FreeSurfer sono .STATS. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in FreeSurfer. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da FreeSurfer.
FreeSurfer può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite FreeSurfer e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da FreeSurfer.