Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Game Boy Advance Emulator supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Game Boy Advance Emulator sono .SVS. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Game Boy Advance Emulator. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Game Boy Advance Emulator.
Game Boy Advance Emulator può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Game Boy Advance Emulator e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Game Boy Advance Emulator.