Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. GraphPad Prism supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da GraphPad Prism sono .PZF. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in GraphPad Prism. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da GraphPad Prism.
GraphPad Prism può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite GraphPad Prism e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da GraphPad Prism.