Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. HyperChem supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da HyperChem sono .MOL. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in HyperChem. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da HyperChem.
HyperChem può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite HyperChem e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da HyperChem.