Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Insight Segmentation and Registration Toolkit supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Insight Segmentation and Registration Toolkit sono .TXX. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Insight Segmentation and Registration Toolkit. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Insight Segmentation and Registration Toolkit.
Insight Segmentation and Registration Toolkit può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Insight Segmentation and Registration Toolkit e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Insight Segmentation and Registration Toolkit.