Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. iPhone Configuration Utility supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da iPhone Configuration Utility sono .MOBILECONFIG. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in iPhone Configuration Utility. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da iPhone Configuration Utility.
iPhone Configuration Utility può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite iPhone Configuration Utility e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da iPhone Configuration Utility.