Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. iPhone Configuration Utility OS X supporta almeno 4 diverse estensioni di file. I file di base supportati da iPhone Configuration Utility OS X sono .MOBILECONFIG. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in iPhone Configuration Utility OS X. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da iPhone Configuration Utility OS X.
iPhone Configuration Utility OS X può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite iPhone Configuration Utility OS X e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da iPhone Configuration Utility OS X.