Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. ISE Design Suite supporta almeno 11 diverse estensioni di file. I file di base supportati da ISE Design Suite sono .BIT. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in ISE Design Suite. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da ISE Design Suite.
ISE Design Suite può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite ISE Design Suite e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da ISE Design Suite.