Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. J. River Media Center supporta almeno 7 diverse estensioni di file. I file di base supportati da J. River Media Center sono .CDA. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in J. River Media Center. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da J. River Media Center.
J. River Media Center può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite J. River Media Center e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da J. River Media Center.