Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Java IPS Patcher supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Java IPS Patcher sono .IPS. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Java IPS Patcher. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Java IPS Patcher.
Java IPS Patcher può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Java IPS Patcher e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Java IPS Patcher.