Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Java Runtime Environment supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Java Runtime Environment sono .JAR. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Java Runtime Environment. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Java Runtime Environment.
Java Runtime Environment può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Java Runtime Environment e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Java Runtime Environment.