Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. LyX/Mac supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da LyX/Mac sono .STY. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in LyX/Mac. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da LyX/Mac.
LyX/Mac può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite LyX/Mac e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da LyX/Mac.