Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. MADRIX supporta almeno 5 diverse estensioni di file. I file di base supportati da MADRIX sono .MMRC. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in MADRIX. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da MADRIX.
MADRIX può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite MADRIX e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da MADRIX.