Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Magic Engine supporta almeno 1 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Magic Engine sono .PCE. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Magic Engine. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Magic Engine.
Magic Engine può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Magic Engine e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Magic Engine.