Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Master Navigator supporta almeno 2 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Master Navigator sono .MNH. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Master Navigator. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Master Navigator.
Master Navigator può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Master Navigator e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Master Navigator.