Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft Application Virtualization supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft Application Virtualization sono .OSD. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft Application Virtualization. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft Application Virtualization.
Microsoft Application Virtualization può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft Application Virtualization e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft Application Virtualization.