Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft BizTalk Server supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft BizTalk Server sono .XDR. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft BizTalk Server. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft BizTalk Server.
Microsoft BizTalk Server può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft BizTalk Server e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft BizTalk Server.