Per impostazione predefinita, tutto il software supporta più estensioni di file. Microsoft Certificate Manager supporta almeno 3 diverse estensioni di file. I file di base supportati da Microsoft Certificate Manager sono .P7C. Tuttavia, non tutte le estensioni elencate nell'elenco vengono sempre utilizzate per salvare gli effetti del lavoro in Microsoft Certificate Manager. Molto spesso, i file con tali estensioni vengono utilizzati come file di dati di origine utilizzati da Microsoft Certificate Manager.
Microsoft Certificate Manager può essere utilizzato per convertire i formati di file tra le estensioni di file elencate di seguito. È possibile aprire un file con una delle estensioni di file di seguito tramite Microsoft Certificate Manager e provare a salvarlo in un altro formato di file, supportato anche da Microsoft Certificate Manager.